إن فكرة إنشاء برنامج الاقتصاد والعلوم السياسية بدأت في العام 1995م إلا أنها أخذت طريقها إلي حيز التنفيذ في العام 1996م ومن المعلوم أن هذا القسم ولد من رحم قسم الاقتصاد، وقد نشأ هذا القسم الجديد إلى جانب قسم الاقتصاد المنفرد تلبية لحاجة السوق الفلسطينية، وقد نشأت الحاجة لقسم الاقتصاد والعلوم السياسية بعد قدوم السلطة الوطنية وما تبعها من تغيرات هيكلية في حاجة السوق الفلسطيني بسبب نشوء المؤسسات العامة للدولة كالوزارات والمؤسسات المختلفة التي تحتاج إلى خريجي السياسة والاقتصاد. وقد جاء قرار إنشاء هذا القسم تلبية لحاجة السوق وتلبية لتطلعات الطلبة، ومحافظة على مصلحة الخريجين وقدرتهم على الحصول على فرص العمل بعد التخرج.
ومن الملاحظ أن استحداث "قسم الاقتصاد والعلوم السياسية" قد أحدث نقلة نوعية سواء في عدد الطلاب المنتسبين إليه أو من خلال عدد الخريجين الذين انخرطوا للعمل في السوق الفلسطينية.
وقد تم وضع أهداف البرنامج وفلسفته انطلاقا من أهداف كلية التجارة وفلسفتها وأهداف الجامعة الرئيسية من خلال مجلس قسم الاقتصاد والعلوم السياسية و مجلس كلية التجارة.
وتتضح هذه الأهداف من موقع الكلية الإلكتروني الأكاديمي 2010/2011 والذي تعطى نسخة منه لجميع الطلبة المقبولين في الكلية. ويتم مراجعة أهداف البرنامج  في جلسات مجلس القسم، ويتم مقارنتها بمثيلاتها محلياً وعالمياً للتأكد من مواكبة البرنامج للتطور العلمي المتسارع وحاجة سوق العمل المحلي.
ويساعد المنهاج في الوصول إلى هذه الأهداف وذلك من خلال دراسة الطلبة لمجموعة من المساقات المختلفة التي تنمي جميع الجوانب المطلوبة بما في ذلك القدرات اللغوية والقيم الاجتماعية ومبادئ المعرفة التخصصية، وكذلك المهارات العملية اللازمة للخريج، ويتضح ذلك من خلال المنهاج الذي يدرسه الطالب

وبناءً عليه فإن رسالة البرنامج:
تقديم برنامج أكاديمي مميز في العلوم الاقتصادية والسياسية لرفد المجتمع بالكفاءات العلمية القادرة على المساهمة في رقي الإنسان والوطن، وتحقيق أهداف المجتمع الاقتصادية والسياسية في إطار القيم الوطنية والإسلامية