افتتحت كلية التجارة بالجامعة الإسلامية في العام الجامعي 1980/1981م، وكانت تحمل آنذاك اسم كلية التجارة والاقتصاد، وتضم قسمين هما: قسم الإدارة والمحاسبة، وقسم الاقتصاد.
واقر مجلس الجامعة في العام الجامعي 81/1982م، منح الطالب بكلية التجارة والاقتصاد درجة البكالوريوس بعد اجتيازه (128) ساعة معتمدة بنجاح، منها (38) ساعة معتمدة متطلب جامعة، و (40) ساعة معتمدة متطلب كلية، و(50) ساعة معتمدة متطلب دائرة.
وفي العام الجامعي 83/1984م، أصبح اسم الكلية " كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية"، وفصل
"قسم الإدارة والمحاسبة" إلى قسمين فأصبحت الكلية تضم: قسم الإدارة، وقسم المحاسبة، وقسم الاقتصاد.
وأقر مجلس الجامعة تغيير اسم الكلية مرة ثانية، فأصبحت تحمل اسم "كلية التجارة" من مطلع العام الجامعي 87/1988م، واعتمدت خططها المعدلة.
وفي عام 1996م، تم تعديل اسم قسم الاقتصاد، إلى " قسم الاقتصاد والعلوم السياسية" وبدأ العمل بذلك اعتباراً من مطلع الفصل الأول من العام الجامعي 96/1997م.
وفي العام الجامعي 2001/2002م، افتتح اختصاص العلوم المالية والمصرفية. وافتتح برنامج البكالوريوس في اختصاص المحاسبة والإدارة باللغة الإنجليزية، وذلك في مطلع العام الجامعي 2004/2005م.
وفي العام 2005/2006م، تم افتتاح اختصاص الاقتصاد والإحصاء التطبيقي في قسم الاقتصاد والعلوم السياسية.

الدراسات العليا :
وافق مجلس الجامعة على افتتاح برنامج الدبلوم العالي في الإدارة، وذلك بالتعاون مع المدرسة العربية الأوروبية في الإدارة، في عام 98/1999م، وفي العام الجامعي 2001/2002م، افتتح برنامج الماجستير في إدارة الأعمال. وفي عام 2003م، وافق مجلس الجامعة على افتتاح برنامج الماجستير في المحاسبة والتمويل، وذلك اعتباراً من الفصل الأول من العام الجامعي 2003/2004م.
رؤية كلية التجارة مقترحة
الريادة في تقديم برامج أكاديمية في العلوم الاقتصادية والإدارية والمالية تساهم في التنمية المستدامة للمجتمع الفلسطيني.

رسالة كلية التجارة 
تقديم برامج أكاديمية مميزة في العلوم الاقتصادية والإدارية والمالية ورفد المجتمع بالكفاءات العلمية للرقي بالانسان والوطن لمواكبة متطلبات العصر في اطار القيم الوطنية والاسلامية.

أهداف كلية التجارة
1.    تطوير الكفاءات العاملة بالكلية بما يتوافق مع احتياجات العملية التدريسية.
2.    افتتاح برامج أكاديمية معاصرة تلبي الاحتياجات التنموية للمجتمع الفلسطيني.
3.    الارتقاء بمستوى أداء البرامج الحالية وتطوير مصادر المعرفة المتاحة للكلية.
4.    تحسين وتطوير نوعية الخريجين بما يتناسب واحتياجات سوق العمل.
5.    تعزيز دور الكلية في خدمة المجتمع المحلي وترسيخ العلاقة بالمؤسسات والجامعات المناظرة