افتتحت كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية بالجامعة الإسلامية في العام الجامعي 1980/1981م، وكانت تحمل آنذاك اسم كلية التجارة والاقتصاد، وتضم قسمين هما: قسم الإدارة والمحاسبة، وقسم الاقتصاد. واقر مجلس الجامعة في العام الجامعي 1981/1982م، منح الطالب بكلية التجارة والاقتصاد درجة البكالوريوس بعد اجتيازه (128) ساعة معتمدة بنجاح، منها (38) ساعة معتمدة متطلب جامعة، و(40) ساعة معتمدة متطلب كلية، و(50) ساعة معتمدة متطلب دائرة. وفي العام الجامعي 1983/1984م، أصبح اسم الكلية "كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية"، وفصل قسم "الإدارة والمحاسبة" إلى قسمين، فأصبحت الكلية تضم: قسم الإدارة، وقسم المحاسبة، وقسم الاقتصاد.

وأقر مجلس الجامعة تغيير اسم الكلية مرة ثانية، لتحمل اسم "كلية التجارة" من مطلع العام الجامعي 87/1988م، واعتمدت خططها المعدلة. وفي عام 1996م، تم تعديل اسم قسم الاقتصاد، إلى "قسم الاقتصاد والعلوم السياسية" وبدأ العمل بذلك اعتباراً من مطلع الفصل الأول من العام الجامعي 1996/1997م. وفي العام الجامعي 2001/2002م، افتتح تخصص العلوم المالية والمصرفية. وافتتح برنامجي البكالوريوس في تخصص المحاسبة والإدارة باللغة الإنجليزية، وذلك في مطلع العام الجامعي 2004/2005م. وفي العام 2005/2006م، تم افتتاح تخصص الاقتصاد والإحصاء التطبيقي في قسم الاقتصاد والعلوم السياسية. كما تم افتتاح تخصص السياسة والإعلام.

في مطلع عام 2017/2018 قامت الكلية قامت بتغيير اسم الكلية فأصبحت تحمل اسم "كلية الاقتصاد والعلوم الإدارية" بتخفيض ساعات الحصول على درجة البكالوريوس من 140 ساعة معتمدة الى 128منها متطلب 27 ساعة جامعة 21 ساعة متطلب كلية ومتطلب تخصص 80 ساعة.